Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События фильма начинаются с завершения строительства космического подъёмника «Эндимион» в Академия-Сити, где главные герои Тома Камидзё и Индекс встречают Арису Мэйго, эспера нулевого уровня. Но их спокойную жизнь нарушает «Ассоциация магов», которая начинает преследовать Арису и нападает на город. В ответ на угрозу, Шатаура Секвенция становится лидером движения сопротивления. Постепенно выясняется, что Арису может стать орудием в руках тех, кто желает разжечь войну между миром Магии и миром Науки. Главные герои вынуждены бороться не только за свою жизнь, но и за будущее мира в целом. В это опасное время им придется сохранить спокойствие и найти способ противостоять силам зла, которые угрожают разрушить все, что им дорого. В их руках судьба города и, возможно, всего человечества.